开启二周目的关键条件是完成一周目主线剧情并收集60种以上宝可梦。通关一周目后，读取存档时会从自家门前开始，大木博士会主动出现询问图鉴收集情况。若已捕捉60种宝可梦，博士会将图鉴升级为全国图鉴模式，这是进入二周目的首要条件。若未达标需先补足数量，可通过捕捉野生宝可梦或与NPC交换完成。
完成图鉴升级后，需前往枯叶市乘船前往1号岛屿开启七岛剧情。在1号岛屿的网络中心与NPC对话，得知修复通信机器需要红蓝宝石。随后前往灯火山，在右侧洞穴击败两名火箭队成员后取得红宝石，将其交还网络中心NPC可获得彩虹通行证，获得七岛间自由通行的权限。二周目的核心剧情已正式启动。
前往4号岛屿科拿家的右侧冰洞，利用攀瀑技能（HM07）进入深处，协助科拿击败火箭队后得知5号岛仓库的情报。在6号岛标记森林深处按特定顺序（上、左、右、下）通过洞穴取得蓝宝石，虽会被NPC抢夺，但能获得火箭队仓库密码。返回5号岛仓库击败守卫后最终夺回蓝宝石。
将蓝宝石送回1号岛网络中心后，设备修复完成，可与宝石版游戏进行联机交换。可前往7号岛挑战训练师塔提升战力，并在华蓝市通过冲浪进入原先有人看守的华蓝洞窟，在最深处遭遇Lv70超梦。同时需注意捕捉三神鸟：闪电鸟在无人发电厂深处，急冻鸟需在双子岛推石堵住瀑布，火焰鸟位于1号岛灯火山顶。
二周目保留了全部一周目进度与道具，新增的七岛区域包含多个隐藏要素。通过完成宝石任务可解锁与红蓝宝石版本的通信功能，获取丰缘地区御三家。建议在挑战训练师塔前完善队伍配置，针对四大天王的冰系、格斗系、毒系和龙系阵容进行针对性培养。最终完成全部二周目内容后，游戏将开放全部联机与收集要素。
